Прежде чем открывать файл Boot.ini для ручного редактирования, снимите атрибут "только для чтения" (Read Only), чтобы внесенные изменения можно было сохранить (файл перестанет быть и "суперскрытым").
Из командной строки это можно сделать следующей командой:
attrib -r boot.ini
Если вы измените путь к загрузочному разделу Windows 2000, отредактируйте как путь по умолчанию, так и записи в разделе [operating systems].